Большая часть авиационных перевозок в Найроби происходит через международный аэропорт Джомо Кениата, крупнейший и самый загруженный аэропорт в восточной и центральной Африке. В 2008 году через него прошло более 4,9 миллионов пассажиров. Он является основным пересадочным узлом для пассажиров, летящих в небольшие города восточной и центральной Африки. Он принимает прямые рейсы из Европы и Азии. В настоящее время рассматривается проект по расширению аэропорта для возможности обслуживать возрастающий пассажиропоток.
Аэропорт Джомо Кениата расположен в 20 км от делового центра Найроби.